Kafka Tamura, un jeune Tokyoïte de quinze ans, s'enfuit de chez lui pour échapper à la malédiction odipienne que son père a prononcée contre lui. Il traverse le Japon pour rejoindre la petite île de Shikoku. Une nuit, le jeune garçon se réveille au milieu d'un bois, couvert d'un sang qui n'est pas le sien. Paniqué, Kafka trouve alors refuge dans une bibliothèque dirigée par une ex-star de la chanson et son assistant, Oshima, qui le prend sous sa protection. Dans un quartier de Tokyo, un vieil homme cherche un chat égaré. Nakata est un simple d'esprit. Dans son enfance, un accident inexplicable lui a fait perdre toutes ses capacités intellectuelles, mais gagner celle de deviser avec les chats. Un jour, il croise le chemin d'un effroyable personnage. Et la vie de Nakata bascule. Obéissant à une force obscure, il se met en route. Au cours de son voyage picaresque, Nakata fait la connaissance d'Hoshino, un jeune chauffeur routier qui, touché par le vieil homme, lui propose de l'accompagner. Dès lors, les itinéraires de Kafka et de Nakata convergent dangereusement, et le jeune garçon est loin de se douter qu'en s'efforçant de fuir son destin, il se précipite à sa ren-contre.